Визовый вопрос - в Германию с карточкой резидента

Вопрос неинформативный чтобы ответить вразумительно. Вам как члену семьи гражданина ЕС полагается вид на жительство, а не виза. Но если просто по безалаберности просрочили визу (какую?), проблемы будут и их следует решить.

Между Испанией и Германией пограничного контроля нет, но нет и совместной границы, а паспорт показать может потребоваться (регистрация в аэропорту, контроль на дороге посередине Франции итп.).